SGI ISS3500 User Manual Page 1

Rapport annuel sur les structures de type Méso-centre en France.Comité de Coordination des Mésos-CentresMark Asch, Emmanuel Chaljub, Romaric Davidcont

• Structure fédérative : 9• Autre : 10 (plateformes, Direction de la Recherche, dans une UMR)AlsaceAlsace Pôle HPC, Direction Informatique, Université

Institut de Chimie de Strabourg :• Laboratoire de Bio physicochimie Moléculaire• Laboratoire de chimie quantique• Laboratoire de Modélisation Simulat

Formations du Pôle HPC de la Direction Informatique, Université de StrasbourgPôle HPC, Direction Informatique, Université de Strasbourg Débogage d’app

AquitaineAquitaine Pôle M3PEChttp://www.m3pec.u-bordeaux1.fr/Puissance : 38TF Stockage : 140 TO 150Nom du projet / Région Mésocentre de Calcul Intensi

◦ CPMOH : Centre de Physique Moléculaire Optique et Hertzienne (UMR 5798) ◦ CRPP : Centre de Recherche Paul Pascal (UPR 8641) ◦ ICMCB : Institut de Ch

Formations du Pôle M3PEC, BordeauxPôle M3PEC (Modélisation Microscopique et Mésoscopique en Physique, dans l’Environnement, en Chimie, Mathématique, I

AuvergneAuvergne Mésocentre - Clermont Université / AuverGridhttp://crri.clermont-universite.fr/ http://www.auvergrid.fr/Puissance : 20 TF Stockage :

Association HealhGrid le calcul pour la physique des particules représente 60% du calcul sur AUverGrid vient par EGEE/EGI. Environ la moitié du calc

Cours de : Simulation (2ème année d’ingénieur) Calcul parallèle (Algorithmique - MPI/OpenMP en 2ème et 3ème année d’ingénieur) Ingénierie de modèle

BourgogneBourgogne CRI-CCUB (Centre de Calcul de l’Université de Bourgogne)https://haydn2005.u-bourgogne.fr/DSI-CCUB/Puissance : 18.8 TF Stockage : 19

IntroductionLa définition et le rôle des mésos-centres dans l'écosystème du calcul intensif en France est décrite en préambule du rapport 2011 su

GPMA : Génie des Procédés-Ensbana EA 1684 LE2I : Laboratoire Electronique, Informatique et Image - EA 2421 LB : Laboratoire de Biogéosciences UMR 5

• 100 utilisateurs recherche• 600 comptes enseignementPage 21

BretagneBretagne GenOuesthttp://www.genouest.orgPuissance : 3.8 TF Stockage : 140 TO 200 Utilisateurs authentifiésGenOuestNom du projet / Région GenOu

U620 Remodelage pulmonaire et xéno biotique, Rennes U456 Détoxication et réparation cellulaire, Rennes U425 Groupe d’étude de la reproduction chez

Stockage : 60 To Panasas , 20 To Cloud et 60 To pour le cluster GRISBI. Puissance crête théorique : 3,8 Teraflop/sTypes de codes (expertise), domaine

BretagneBretagne Pôle de Calcul Intensif pour la mer, Bresthttp://www.ifremer.fr/pcimPuissance : 3 TF Stockage : 300 TO 200 UtilisateursPôle de Calcul

Service Ressources Informatiques et Communications (IDM/RIC) service des Systèmes d’Informations Scientifiques pour la Mer, (IDM/SISMER) service In

Moyens informatiques et puissance crête théorique actualisée (processeurs, réseau d’interconnexion, stockage) Altix ICE, 256 nodes , Septembre 2009, C

CentreCentre Centre de Calcul Scientifique en région Centre (CCSC)http://fdpoisson.org/cascimodotPuissance : 6 TF Stockage : 5 TO 60 UtilisateursCentr

MAPMO, INRA Orléans, GeoHyd.Moyens humains (équivalent temps plein) 1 temps pleinMoyens informatiques et puissance crête théorique actualisée (proc

Évolutions marquantes depuis 2011Centres déjà installésLe tableau ci-dessous reprend les évolutions notées depuis 2011 en 4 catégories :• Capacité de

Champagne-ArdenneChampagne-Ardenne Centre de Calcul Régional de Champagne-Ardenne ROMEO IIhttps://romeo.univ-reims.fr/Puissance : 11TF Stockage : 34 T

Mathématiques et informatique Physique et sciences de l’ingénieur Modélisation des systèmes moléculaires complexes. et 11 laboratoires de recherche

• Hybride Linux/Windows• GPU Fermi• 2 Noeud de visualisation • 2 Noeud 32 coeurs (Nehalem EX) 64 Go DDR3• 39 noeuds 12 coeurs (Westmere X5650) 24 Go D

Grand-Est du réseau de chimie théorique (http://www.chimietheorique.org/) par les centres de Strasbourg, Nancy, Besançon et Reims. doctorat, post-doct

Franche-ComtéFranche-Comté Mésocentre de Calcul de Franche-Comtéhttp://meso.univ-fcomte.fr/Puissance : 13 TF Stockage : 70 TO 130 UtilisateursMésocent

• Théma (Laboratoire Théoriser et Modéliser pour Aménager)• LIFC ( Laboratoire d’Informatique de l’Université de Franche-Comté)• Laboratoire de Mathém

Types de codes (expertise), domaines d’application Les codes que nous proposons :• Chimie et Physique : Molpro, Gaussian, VASP, NAMD, Gromacs, Meep,

Haute-NormandieHaute-Normandie Pôle régional de modélisation numérique CRIHANhttp://www.crihan.fr/Puissance : 20 TF Stockage : 400 TO 150 Utilisateurs

Moyens humains (équivalent temps plein) 2 personnes : 1 en support et 1 en système.Moyens informatiques et puissance crête théorique actualisée (proce

Notions d’architectures matérielles Optimisation scalaire Concepts en parallélisation Parallélisation par passage de messages visite de la salle

Rhône-Alpes, Must x 1,6 / / Centres nouvellement crées ou référencésNous avons recensé les nouveaux méso-centres suivants :• La-Rochelle• Cassiopée (M

Ile de FranceIle de France S-CAPADhttp://www.ipgp.jussieu.fr/rech/scp/Puissance : 5 TF Stockage : 112 TO 50 UtilisateursS-CAPADNom du projet / Région

Moyens humains (équivalent temps plein) 2 équivalents temps plein.Moyens informatiques et puissance crête théorique actualisée (processeurs, réseau d’

Ile de FranceIle de France CEMAG (Centre d’étude des écoulements MHD en astrophysique et géophysique) http://cemag.ens.fr/Puissance : 1.74 TF Stockage

Moyens humains (équivalent temps plein) 0.30Moyens informatiques et puissance crête théorique actualisée (processeurs, réseau d’interconnexion, stocka

Ile de FranceIle de France Mésocentre informatique d’Ile de France sudhttp://www.cri.u-psud.fr/machine/Puissance : 1.6 TF Stockage : 5 TO 60 Utilisate

• Chimie Moléculaire d’Orsay, • Biomolécules : Conception, Isolement et Synthèse, • Institut de Biochimie et de Biophysique Moléculaire et Cellulaire,

Formations du Méso-centre informatique d’Ile de France sud, OrsayMéso-centre informatique d’Ile de France sud, OrsayFormations assurées par les Ecoles

Ile de FranceIle de France SIR-UCPhttp://www.cdc.u-cergy.frPuissance : 7.4 TF Stockage : 60 TO 100 UtilisateursCDC-UCPNom du projet / Région CDC-UCP

Laboratoire de mathématiques Analyse Géométrié Modélisation Laboratoire de Physique Théorique et Modélisation Laboratoire Théorie Economique, Modél

Ile de FranceIle de France GRIF (Grille de production pour la recherche en Ile de France)http://grif.fr/Puissance : 80 TF Stockage : 3265 TO 6000 Util

Carte de France des mésos-centresPage 5

Participants (laboratoires, universités, entités, industries) 7 partenaires (6 laboratoires de recherche + ressources du GIS ISC-PIF)Moyens humains (é

Ile de FranceIle de France Grappe Massivement Parallèle de Calcul Scientifique (GMPCS) de la fédération Lumière-Matière (LUMAT)http://www.gmpcs.lumat.

Ile de FranceIle de France Méso-centre de l’Ecole Centrale de Parishttp://www.mesocentre.ecp.frPuissance : 9 TF 25 TO 80 UtilisateursMéso-centre de l’

• Laboratoire Énergétique Moléculaire et Macroscopique, Combustion (EM2C), CNRS UPR 288• Laboratoire Structures, Propriétés et Modélisation des Solide

LorraineLorraine Cassiopée : Calcul et Simulation Hautes PerformancesEn constructionPuissance :3.2 TF Stockage : ?? TO 30 Utilisateurs Cassiopée : Cal

• Laboratoire de Biomécanique, Polymères et Structures (LABPS)• Laboratoire de Conception, Fabrication et Commande de Metz (LCFC)• Laboratoire d’Etude

Languedoc-RoussillonLanguedoc-Roussillon HPC@LRhttp://www.hpc-lr.univ-montp2.fr Puissance : ? TF Stockage : 171 TO ? UtilisateursHPC@LRHPC@LR est le C

processeurs QUAD CORE INTEL WESTMERE à 2.13GHz, 24 Go mémoire DDR3, un disque interne de 250Go SATA à 7200krpm, deux ports GB Ethernet, une slot PCI E

LimousinLimousin CALI (CAlcul en LImousin)http://www.unilim.fr/sci/article106.htmlPuissance : 1.7 TF Stockage : 9 TO 100 UtilisateursCALI (CAlcul en L

Moyens humains (équivalent temps plein) Pour le démarrage du projet (sur 2 mois) dégagement d’un E.T.P. Pour le suivi et l’exploitation, charge suppl

Page 6

LorraineLorraine Cassiopée : Calcul et Simulation Hautes PerformancesEn constructionPuissance :3.2 TF Stockage : ?? TO 30 Utilisateurs Cassiopée : Cal

• Laboratoire de Biomécanique, Polymères et Structures (LABPS)• Laboratoire de Conception, Fabrication et Commande de Metz (LCFC)• Laboratoire d’Etude

Midi-PyrennéesMidi-Pyrennées CICT-CALMIP - Centre Interuniversitaire de Calcul de Toulousehttp://www.calmip.cict.fr/Puissance : 37 TF Stockage : 250 T

INRA) répartis (actuellement) sur 7 thématiques scientifiques : SDUT, Mécanique des fluides, Méthodes et Algo, Physique théorique et moléculaire, Phys

Midi-PyrennéesMidi-Pyrennées Plateforme bioinformatique GénoToul de la Génopole de Toulousehttp://bioinfo.genotoul.frPuissance : 15 TF Stockage : 200

Moyens humains (équivalent temps plein) 6Moyens informatiques et puissance crête théorique actualisée (processeurs, réseau d’interconnexion, stockage)

Nord Pas-De-CalaisNord Pas-De-Calais Calcul Intensif à l’USTLhttp://cri.univ-lille1.fr/services/calcul-intensif/Informations/Puissance : 11.5 TF Stock

Moyens humains (équivalent temps plein)• 2,5 personnes équivalent temps plein :• 1/2 ingénieur système/exploitation• 2 ingénieurs (assistance, dévelop

Formation en M2, FIL / Université de Lille1 , Clusters et Grilles de Calcul (Grid5000) Formation en M1, FIL / Université de Lille1 , Programmation p

Provence-Alpes-Côte-d’AzurProvence-Alpes-Côte-d’AzurProjet CRIMSONhttp://crimson.oca.euPuissance : 20 TF Stockage : 200 TO 100 UtilisateursProjet CRIM

Bilans chiffrésRemarque : ces chiffres sont issus de l'enqûete réalisée en ligne. Les valeurs correspondant aux mésos-centres n'ayant pas pu

Moyens humains (équivalent temps plein) Environ 2 ETPMoyens informatiques et puissance crête théorique actualisée (processeurs, réseau d’interconnexio

Provence-Alpes-Côte-d’AzurProvence-Alpes-Côte-d’AzurMéso-centre Aix-Marseille UniversitéSite Web en créationPuissance : 14 TF Stockage : 272 TO Croiss

Moyens informatiques et puissance crête théorique actualisée (processeurs, réseau d’interconnexion, stockage)Utilisation NoeudsType de processeurNombr

Pays de la LoirePays de la Loire Projet CCIPLen cours d’actualisationPuissance : 9.42 TF Stockage : 12 TO 30 UtilisateursProjet CCIPLNom du projet / R

• mécanique des fluides (hydrodynamique, planétologie, procédés)• études de structures moléculaires (chimie, chimie et physique du solide, optique et

PicardiePicardie MeCS (Modélisation et Calcul Scientifique)Url : http://www.lamfa.u-picardie.fr/asch/f/MeCS/Puissance : 3.25 TF Stockage : 25 TO Nb ut

d’interconnexion, stockage)SGI Altix 450 38 processeurs Itanium 2, bi-coeur à 1,6 Ghz, (total de 76 coeurs), 144 Go de memoire, NUMAlink à 6,4 Go/sec.

Rhone-AlpesRhone-Alpes Fédération Lyonnaise de Modélisation et Sciences Numériqueshttp://www.flchp.univ-lyon1.fr/Puissance : 44 TF Stockage : 460 TO 2

LyonParticipants (laboratoires, universités, entités, industries)Environ 20 laboratoires de recherche rattachés à l’université de Lyon, au CNRS, à l’

• acquis depuis janvier 2011 :• 40 serveurs HP sl390s bi-socket hexa-coeur Intel X5650 2,66 Ghz memoire 2Go/coeur (Infiniband QDR)• 24 serveurs HP sl3

DSI - CCUB Centre de Calcul de l'université de Bourgognehttp://www.u-bourgogne.fr/DSI-CCUB18,80 197Genotoul Bioinfo http://bioinfo.genotoul.fr/ 1

• PMCS2I : Environ 2 TFlops crêteTypes de codes (expertise), domaines d’application PSMN• ADF, CPMD, CP2K, Gaussian, Lammps, Molcas, Q-chem, Siesta, T

Rhone-AlpesRhone-Alpes CIMENT (Calcul Intensif, Modélisation, Expérimentation Numériquehttps://ciment.ujf-grenoble.fr/Puissance : 35 TF Stockage : 500

issus de l’Université Joseph Fourier, l’INstitut Polytechnique de Grenoble, l’INRIA et le CEA :• SCCI : Service de Calcul Intensif de l’Observatoire d

Puissance crête théorique : 36 Teraflop/sDonnées actualisées sur la page "HPC Hardware" du site de CIMENTTypes de codes (expertise), domain

Rhone-AlpesRhone-Alpes MUSThttp://lapp.in2p3.fr/MUSTPuissance : 8 TF Stockage : 520 TO 400 Utilisateurs (Accès par la grille)MUSTNom du projet / Régio

supersymétrie, supergravité, relativité générale, systèmes intégrables et mécanique statistique) EDYTEM Laboratoire Environnements Dynamiques et Terr

Nombre moyen d’utilisateurs60 utilisateurs locaux et 350 utilisateurs grille EGEEFormations de MUST, Université de SavoieMUST (Mésocentre de Calcul et

• Retour et cas d’utilisation du mesocentre MUST et présentation des possibilités de la grille européenne EGIPage 87

Outre-Mer : GuadeloupeOutre-Mer : GuadeloupeC3I (Centre Commun de Calcul Intensif)http://www.univ-ag.fr/c3i/Puissance : 0.912 TF Stockage :6 TO 50 Uti

LPAT (EA 923), UMR QPVT (INRA-UAG)Moyens humains (équivalent temps plein) 1 Ingénieur de RechercheMoyens informatiques et puissance crête théorique

GPFS 9Lustre, 1Fghfs 2Autres 6 dont 1 Irods (Grille)Bilan des ressources humainesOn constate que la dotation est très variable. Hormis le Grif, de par

2006 : Atelier de l’Ecole Doctorale, thème : « Implémentation de la méthode des éléments finis » J. Laminie (30h) . 2007 : Atelier de l’Ecole Doctoral

Outre-Mer : RéunionOutre-Mer : Réunion CCUR (Centre de Calcul de l’Université de la Réunion)http://w3-ccur.univ-reunion.frPuissance : 2 TF Stockage :

Biodiversité, biotechnologies et la valorisation agroalimentaire, notamment protection des plantes Espaces marin et côtier Facteurs de risques, san

et Santé (1/2 journée) : présentation du Centre de Calcul, 4 interventions d’utilisateurs pour présenter leurs activités relatives au supercalculateur